هنگام استفاده از پپتیدها، اغلب با شاخص های خلوص پپتید و محتوای پپتید مواجه می شویم. بسیاری از مردم ممکن است تعجب کنند که چرا خلوص پپتید آنها 95٪ است اما محتوای پپتید فقط 80٪ است. زیرا این دو مفهوم کاملاً متفاوت هستند.
خلوص پپتید: خلوص پپتید به مقدار پپتید هدف اطلاق می شود که در 214 نانومتر (214 نانومتر طول موج جذب زنجیره پپتیدی است) با استفاده از تجزیه و تحلیل HPLC.
محتوای پپتیدی: این به درصد پپتیدها نسبت به مواد غیرپپتیدی در یک نمونه اشاره دارد.
خلوص یک پپتید به محتوای پپتید هدف اشاره دارد که توسط HPLC در 214 نانومتر شناسایی شده است (214 نانومتر طول موج جذب زنجیره پپتیدی است). علاوه بر پپتید هدف، HPLC میتواند ناخالصیهایی از جمله: توالیهای حذفشده (توالیهای هدف فاقد یک یا چند باقیمانده اسید آمینه)، توالیهای کوتاهشده (توالیهایی که در طول حفاظت ایجاد میشوند) و توالیهای کاملاً محافظت نشده (که منجر به فرآیند سنتز یا فرآیند برش نهایی میشود) را شناسایی کند. با این حال، HPLC نمی تواند آب و نمک های باقیمانده مانند تری فلورواستات (TFA) و استات را تشخیص دهد. در طول سنتز پپتید، توالی پپتیدی با استفاده از TFA از رزین جدا می شود و مقدار کمی TFA نیز در طی خالص سازی تولید می شود. بنابراین، پایانه آمینه آزاد و سایر زنجیره های جانبی پپتید، مانند Arg، Lys و His، می توانند مقادیر کمی ناخالصی TFA ایجاد کنند. مسئله دیگر رطوبت است. پپتیدها معمولاً با استفاده از لیوفیلیزاسیون آبگیری می شوند، اما با این وجود، بسته به ظرفیت اتصال کووالانسی، آب به درجات مختلفی وجود خواهد داشت. بنابراین، پپتیدهای تحویلی معمولاً حاوی نمکهای TFA و مقادیر کمی آب هستند که توسط HPLC قابل شناسایی نیستند، بنابراین منجر به تفاوت در محتوای پپتید و خلوص آنها میشود.
